Viljandi Jaani kirikule eelnes väike kirik, mille kooriruumi kaarjas osa on nüüdseks renoveeritud ja nähtav kiriku alatariruumi all krüptis. Püha Franciscuse (frantsisklaste) ordu reformitud haru (observandid) ehitasid selle kiriku asemele kloostri kiriku. Viljandi Jaani kiriku rajamine on toimunud vahemikus 1466 – 1472, kirjutas Kaur Alttoa ja lisas, et need on daatumid post quem ja ante quem. Paavstiks oli tollal Paulus II (1464-1471), aga Püha Franciscuse ordu kindraliks oli Francesco della Rovere, kes valiti sellele ametikohale aastal 1464. Sellesse aega jäi kloostri ehitamine Viljandis.

LÄHIAJALUGU

EELK Viljandi Jaani koguduse taasloomise koosolek oli 8. mail 1991. Seda juhatas Viljandimaa praost Herbert Kuurme. Sellest koosolekust võtsid osa ka endised koguduse liikmed. EELK Konsistooriumi 25. septembri 1991 aasta koosoleku protokolliga nr. 20 punkt 11 otsustati: “Teha Viljandi Jaani kogudusele ettepanek kuulutada õpetaja koht vakantseks.” Samal ajal Viljandi Rajooni RSN Täitevkomitee Kultuuriosakond taotles kirikuhoonet Kultuurimajale, kuid Viljandi Linnavalitsus vastas sellele eitavalt ja tagastas kirikuhoone õigusjärgsele omanikule, EELK Viljandi Jaani kogudusele.

Esimene jumalateenistus peeti peale 40-aastast vaheaega jõululaupäeval 1991.a. Rahvast tulvil kirikus kuulati jutlust, rõõmupisarad silmis. Kohal oli eakaid inimesi, kes olid olnud koguduse liikmed enne kiriku sulgemist. Rahvas tänas Jumalat, kirik oli avatud ja Eesti Vabariik taastatud 20.08.1991.a. Kirik pühitseti taas evangelist Johannese päeval 27. detsembril 1992. Jumalateenistustel on teeninud ka diakon Rein Õunpuu ja mitmed kohalike koguduste ning sõpruskoguduste õpetajad.